トウインヤエヤマザクラは平成6年4月16日に永瀬幸一氏により発見され、桜分類学の権威者、村田源氏の検定により学術上極めて価値の高いものとして、平成8年4月、町指定天然記念物となった。八重咲きの大変希少な山桜である。奈良の八重桜に似ていますが、葉や花柄にも毛がなく、一つの花にめしべが二本あるものがあって、花が終わると柄の先に二つずつ実が並んでつく山桜である。
　分類学上、京都府亀岡市のコノハナザクラと同種の特徴を持ち世界に二本だけしか見つかっていない桜である。